Sau khi thụ án được 12 năm, ngày 2/9/2009, ông được tuyên đặc xá, nhưng vẫn phải tiếp tục bồi hoàn 480 tỷ còn lại (sau khi đã bồi hoàn 500 tỷ). Có nhiều ý kiến thắc mắc tại sao ông Thìn chưa bồi hoàn xong mà vẫn được ra tù. Căn cứ vào bản án hình sự phúc thẩm số 05/HSPT ngày 12/01/2000, ông Liên Khui Thìn phải liên đới cùng 3 người khác là Nguyễn Tuấn Phúc,Phạm Nhật Hồng và Nguyễn Ngọc Bích bồi thường số tiền là 1019 tỷ đồng. Tính đến 31/8/2009, bản thân ông Thìn đã tích cực thi hành được 538 tỷ đồng,những người khác chưa nộp đồng nào, còn 481 tỷ đ, ông Thìn cam kết sẽ trả hết vì tài sản ông đầu tư trên các sở đất tại quận 2,9 và Thủ đức còn rất nhiều. Mặt khác, ông còn là chủ của các công ty như Công ty TNHH An Khánh, Công ty Tây Sơn, Công ty TNHH Hồng Long....Riêng đối với công ty Hồng Long có trụ sở tại 282 Nam Kỳ Khởi Nghĩa, Q.3,TP.HCM, ông nắm giữ 75% vốn cổ phần. Căn nhà 282 NKKN do ông chuyển nhượng từ Nguyễn Đăng Quang, giám đốc công ty sơn mài Lam Sơn, ngoài ra tại công ty Hồng Long còn 13 tài sản khác chưa được kê khai trong hồ sơ thi hành án.[6]

Ngày Liên Khui Thìn được đặc xá ra khỏi trại giam, một Thiếu tướng Công an - hiện là Giám đốc Công an của một tỉnh - người cùng hoạt động với Liên Khui Thìn hồi sinh viên, đã sửa chữa lại một căn phòng trong nhà mình để Liên Khui Thìn bước đầu có chỗ tạm trú. Có thể do các mối quan hệ từ trước mà ông Thìn được ra sớm. Hoặc đó là sự đền bù muộn màng cho những gì ông Thìn đáng ra không phải chịu.

Sau khi được ra tù năm 2009, ông Thìn trở về làm kinh tế. Ông là một trong những người sáng lập ra Quỹ Hoàn Lương. Hiện nay Quỹ Hoàn Lương được đổi tên thành Quỹ Hòa nhập và Phát triển cộng đồng.[7]

Ông có tranh chấp về số cổ phần hiện có trong công ty EPCO.[8]

Ông được các cổ đông bầu làm chủ tịch hội đồng thành viên kiêm giám đốc công ty EPCO nhiệm kỳ 2011-2016 và đang đòi quyền điều hành công ty từ người chiếm giữ bất hợp pháp là ông Nguyễn Lộc Ri, một phó giám đốc của EPCO từ trước năm 1997, nhưng không phải là cổ đông của công ty.